Nel 2024 giungono molte minacce al presidente di Serano Genomics, un’azienda specializzata nella produzione di nanomacchine. Queste tuttavia rimangono inascoltate finchè il 2 febbraio 2024 l’Uomo che Ride rapisce Serano, e lo minaccia con una pistola di fronte alla televisione nazionali. Il suo volto viene immediatamente coperto dal logo rotante, e durante la fuga riesce ad hackare il cervello dei passanti in modo che di lui non ricordino altro se non il simbolo stilizzato. Seguono sei anni di silenzio, duranti i quali l’Uomo che Ride diventa una sorta di fenomeno culturale: viene visto in televisione, al cinema e in merchandising di ogni tipo. Molti emulatori riproducono il logo nei modi più svariati, come un crop circle. Le azioni terroristiche perpetrate ai danni di altre compagnie come la Serano riescono addirittura ad influenzare l’andamento della Borsa, ma in realtà è una copertura usata dal Governo. Dopodichè, l’Uomo che Ride scomparve nei meandri della rete, portando con sé l’ipotesi che si possa trattare di un’entità unica a cui fanno capo più cellule non connesse tra di loro.

Nel 2029 Yamaguchi, membro della Squadra Investigazioni Speciali, muore misteriosamente dopo essere entrato in possesso di foto scottanti. Togusa, ex-collega dell’uomo, scopre che gli erano stati impiantati degli intercettatori ottici. La notizia trapela e il questore Daidou, a capo della Squadra, è costretto a spiegare l’accaduto di fronte alla stampa. Durante la conferenza l’Uomo che Ride si fa di nuovo vivo e lancia la sua sfida a Daidou, indignato per via dell’accaduto.

Si apre la caccia all’Uomo che Ride, e il primo sospettato è Nanao A, un ex-attivista recentemente licenziato dalla Serano. La pista è sbagliata e Nanao non è altro che l’ennesimo emulatore dell’Uomo che Ride, ma riesce comunque a iniettare un virus durante una conferenza di Daidou. I presenti che sono stati infettati tentano in tutti i modi di uccidere Daidou, e una volta arrestati dichiarano di essere in qualche modo affiliati all’Uomo che Ride.

Il “vero” Uomo che Ride invece è un ragazzo di nome Aoi ed è ricoverato in una clinica per pazienti affetti da sclerosi del cybercervello, patrocinata dal Ministero della Salute. Si finge un ragazzo autistico, e stringe sempre con sé un guantone da baseball. Quando Togusa entra sotto copertura nella struttura, scopre su un armadietto PBX il motto dell’Uomo che Ride, con aggiunta la frase “Or should I?”. Aoi è infatti indeciso sul da farsi, ma alla fine saluta i suoi amici e fugge, dopo aver simulato l’uccisione di Togusa da parte di un androide della sorveglianza.

Aoi in realtà voleva far venire alla luce una macchinazione del Ministero della Salute. La sclerosi del cybercervello è infatti la nuova malattia del secolo, e per molto tempo non se ne trovò la cura. Si aprirono le sperimentazioni per trovare una cura, e il primo ad trovarla fu il dottor Murai. La sua cura venne rifiutata dalla Commissione Centrale di Approvazione dei Farmaci perché, sebbene il vaccino fosse efficace, la sua era stata una scoperta fortuita. A capo della commissione c’era il dottor Imakurusu Hisashi, che nel frattempo cercava di trovare una cura tramite le nanomacchine. Il vaccino tramite nanomacchine è meno efficace di quello Murai, che venne approvato solo in seguito e non ufficialmente, venendo riservato solo a pochi eletti tra cui Hisashi. Il vero motivo per cui la cura era stata rifiutata era l’orgoglio del medico, che tuttavia aveva di fatto condannato a morte migliaia di persone. Inoltre, Serano aveva dovuto pagare ingenti somme al segretario Yakushima per far approvare il suo metodo. Aoi è a conoscenza di tutto questo e fa pressione a Hisashi. Mosso dai sensi di colpa lo scienziato promette alla Sunflower Society, gruppo di attivisti che si batte per i pazienti morti a causa di questo imbroglio, di rivelare tutto alla stampa. Tuttavia viene eliminato da agenti del Ministero della Salute. Anche la Sezione 9 viene messa a tacere una volta che è entrata in contatto con la lista dei pazienti trattati con il metodo Murai. L’Uomo che Ride infine convince Serano a parlare in pubblico ma questo viene ucciso proprio mentre si recava a testimoniare contro Yakushima e con lui la verità sull'intrigo, che non verrà mai più fuori.

Alla fine Aoi ammette di non essere mai stato l’Uomo che Ride originale, né di aver mai influenzato direttamente tramite ghosthack i suoi emulatori. Le sue azioni sono state ispirate da un file rinvenuto nei meandri della rete, che analizzava le macchinazioni del Ministero della Salute. Tuttavia, non si sa nulla neanche dell’autore originale del file. Si tratta quindi di uno Stand Alone Complex, originato da un fattore scatenante ma ramificatosi in più unità a sé stanti.